Stefan Batory od początku swego panowania zmierzał do wzmocnienia władzy królewskiej i przeprowadzenia reform podnoszących siłę państwa.
W 1577 roku wybuchł konflikt między królem, a Gdańszczanami. Była to próba ukrócenia ich samowoli. W czasie elekcji wypowiedzieli się na Maksymilianem, a teraz nie uznawali Stefana Batorego, planując nawet oddać się pod opiekę innego monarchy. Złożenie przysięgi wierności uzależniali od rozszerzenia przywilejów miasta i odwołania konstytucji Karnkowskiego. Stefan Batory ogłosił blokadę gospodarczą, cały handel wiślany kierując do Elbląga. W kwietniu konflikt przeszedł w fazę zbrojna. Gdańskie wojska zostały rozbite pod Tczewem. Ale sejm szlachecki obawiając się energicznego króla, odmówił zgody na wojnę. 12 grudnia 1577 roku Gdańsk złożył monarsze hołd wierności, za co uzyskał zniesienie banicji i potwierdzenie dotychczasowych przywilejów.
Zamiary królewskie wzmocnienia władzy wykonawczej nie powiodły się z powodu niechęci szlachty, która obawiała się wprowadzenia absolutyzmu i dziedziczności tronu. Chcąc pozyskać masy szlacheckie dla swych planów wojennych poszedł na ustępstwa i zgodził się zrezygnować z części swych uprawnień sądowych. Przetargi w tej kwestii miały ostry przebieg. Ostatecznie powołane zostały najwyższe trybunały apelacyjne – Trybunał Koronnny w 1578 roku i Trybunał Litewski w 1581 roku. Było to unowocześnienie struktury władzy przez oddzielenie władzy sądowniczej od wykonawczej. Na sejmie w 1578 roku Batory zdołał przeprowadzić reformę wojskową powołującą nową formację – piechotę wybraniecką. Z każdych 20 łanów w dobrach królewskich do służby w piechocie wyznaczony był jeden chłop – wybraniec. Król udoskonalił też jazdę, dając jej lepsze uzbrojenie i broń palną. Dużą wagę przywiązywał do stworzenia regularnego wojska z Kozaków.
Król zyskał poparcie szlachty dla swych planów wojennych przeciwko Rosji zagrażającej polskiemu stanowi posiadania nad Bałtykiem. Wojna składała się z trzech faz. W pierwszej w 1579 roku, wojska polsko – litewskie opanowały twierdzę Połock, w drugiej fazie w roku 1580 zajęły Wielkie Łuki, a w trzeciej w 1581 Batory obległ Psków. Wojska oblegające miasto wywierały nacisk na Rosję, która musiała się zgodzić na podpisanie rozejmu w Jamie Zapolskim w 1582 roku. Rosja zgodnie z warunkami rozejmu, zwróciła Polsce ziemię połocką i wycofała się z Inflant. Polska uzyskała panowanie od Łeby po Parnawę.
Stefan Batory nie zaniedbywał spraw węgierskich, a czasem wysuwał je na plan pierwszy. Jego pragnieniem było uwolnienie Węgier od zależności tureckiej. Przygotowania do wojny przerwała przedwczesna i nagła śmierć króla 12 grudnia 1586 roku.