Walka o dominum Maris Baltia rozegrała się pomiędzy Danią, Szwecją, Rosją i państwem polsko – litewskim.

Moskwa rywalizowała z Polską i Litwą o Inflanty na terenie których państwo zakonu inflanckiego chyliło się ku upadkowi. Na Inflanty miały też ochotę Dania i Szwecja. Rywale dążyli do opanowania handlu bałtyckiego. Dla Moskwy zdobycie Inflant oznaczało dostęp do wybrzeży Bałtyku. Działając w tym kierunku Iwan IV zajął w 1558 roku zbrojnie Narwę – ważny port nad zatoką Fińską. Wówczas Zygmunt August zawarł układ z Gotardem Kettlerem podobny w swej treści do pokoju krakowskiego z 1525 roku.

W odpowiedzi Moskwa rozpoczęła się wojnę, która przyniosła Zygmuntowi porażki militarne i straty terytorialne w Inflantach. Sytuację wykorzystała Dania i Szwecja zagarniając znaczną część Inflant. Iwan IV rozwijał tzw. żeglugę narewską. Zygmunt August paraliżował ją przy pomocy kaprów. Rosja miała poparcie Szwecji. Iwan IV zajął w 1563 roku Połock i część Inflant.

W zamian za pomoc w wojnie północnej Zygmunt August zgodził się dopuścić do lenna brandenburską gałąź rodu Hohenzollernów. Otwarło to drogę do możliwości połączenia Prus i Brandenburgi. W 1568 roku nastąpiła zmiana sojuszy Szwecja zawarła układ z Polską. W tym samym roku król powołał Komisję Morską pod przewodnictwem kasztelana Jana Kostki. Miała ona czuwać nad polityką morską Polski oraz czuwać nad budową floty wojennej.

Na mocy rozejmu zawartego z Moskwą król musiał zezwolić swemu rywalowi na wolną żeglugę morską za cenę utrzymania większości Inflant. Wojnę północną zakończył pokój w Szczecinie w 1570 roku między Danią i Szwecją.

W wojnie o Inflanty król posługiwał się flotą kaperską. Zalążki polskiej floty wojennej wiążą się z nimi. Gdańsk niechętnie widział rozwój takiej floty. Dochodziło do poważnych konfliktów, bo Gdańsk nie respektował zarządzeń królewskich.

W 1568 roku została wysłana do miasta komisja pod przewodnictwem biskupa Stanisława Karnkowskiego. Nie zostali wpuszczeni. W następnym roku udali się ponownie i opracowali nowe przepisy oddające królowi najwyższą władzę w sprawach żeglugi. Były to tzw. konstytucje Karnkowskiego. Nie weszły w życie gdyż bojkotowała je rada miejska.